Le conflit dans l’est de la RDC empêche depuis deux décennies toutes avancées concrètes de la CEPGL. Cette impossible entente avec son grand voisin de l’ouest a poussé le Rwanda à regarder vers l’est. L'implication de Kigali au sein de la Communauté d’Afrique de l'Est est totale, le pays étant devenu la locomotive de l’organisation. Les bénéfices se sont déjà fait sentir en matière d’échanges économiques. Cependant, le conflit congolais rattrape le Rwanda au sein même de l’EAC. Les tensions avec la Tanzanie sont importantes depuis le 26 mai 2013, à la suite de la suggestion faite par le président Kikwete à son homologue rwandais de négocier avec les rebelles des Forces Démocratiques de Libération du Rwanda (FDLR) 13, partie prenante du génocide en 1994. Le président Kagamé a commenté cette demande comme un « total non-sens ». La relation s’envenima au début du mois d’août lorsque la Tanzanie décida d'expulser de son territoire près de 20 000 Rwandais en situation irrégulière 14. Depuis cet incident diplomatique, une communauté à deux vitesses semble se dégager, avec un axe Rwanda-Kenya-Ouganda (dénommé « coalition of the willing »), alors que le Burundi et la Tanzanie sont laissés derrière15. Ces deux derniers pays ont pratiqué la politique de la chaise vide lors de plusieurs réunions sectorielles16, tandis le Rwanda, le Kenya et l’Ouganda accélèrent les projets en commun (visa touristique, carte d’identité, corridor nord). Ces tensions font craindre un possible éclatement de l’EAC17, le président Kikwete assurant cependant du contraire18. La fin du conflit dans l’est de la RDC et la déclaration de la ministre des affaires étrangères rwandaises Louise Mushikiwabo du retour prévu du pays dans la CEEAC en 2014 peuvent toutefois entraîner le recentrage du Rwanda vers le coeur de de l’Afrique19.