Nous présentons ici la formalisation informatique d'une théorie linguistique particulière (le fonctionnalisme) souvent critiquée justement par son absence de formalisation. Cette théorie propose non seulement un cadre général pour exprimer les phénomènes d'ordre phonologique mais aussi une modélisation de la démarche de découverte des unités linguistiques. Le travail d'explicitation de cette théorie a débouché 1) sur la mise en place d'un formalisme d'expression pour les données et les hypothèses 2) sur la conception d'un logiciel reproduisant ou assistant la démarche de l'analyse phonologique de cette école.
Nous présentons dans ce papier les principales structures de données ainsi que les principales fonctions du logiciel qui y font appel. Nous essaierons enfin de relever les différents obstacles méthodologiques que nous avons rencontrés dans notre démarche de formalisation.