Un carottage effectué dans le marais de Malia a permis de reconstituer les grandes étapes de l'évolution de l'environnement du site archéologique entre 6500 av. J.-C. et aujourd'hui. L'étude ne prend en compte, pour l'instant, que les données sédimentaires et des datations au carbone 14. Plusieurs séquences ont été identifiées. La première (6400-4700 av. J.-C.) correspond au remplissage de la dépression, la deuxième (4700-1500 av. J.-C.) voit se former et évoluer le marais lui-même, la troisième (non datée) révèle un événement marin bref, la quatrième (190 av. J.-C.-414 ap. J.-C.) traduit la réinstallation brutale du marais, la cinquième (de 414 ap. J.-C. à nos jours) montre que la surface du marais évolue en fonction du tracé plus ou moins interne du cordon littoral. Il se peut que la séquence 3 corresponde au tsunami engendré par l'explosion du volcan de Santorin mais il est également possible qu'il corresponde au tremblement de terre de 365 ap. J.-C. qui a provoqué un mouvement de bascule important de la Crète, le coin Sud-Ouest se soulevant de 8 à 10 m, le secteur Nord-oriental s'enfonçant simultanément.