Si la forme de vie et la production scripturaire des moines des Ve-VIe siècles place le monastère de Lérins à l'origine de l'implantation et du développement du monachisme en Occident, c'est au Moyen Âge, après sa restauration au début du XIe siècle, qu'il se constitue en tant qu'Église monastique. L'Ecclesia lerinensis, dont l'île Saint-Honorat, avec ses bâtiments abbatiaux, ses chapelles et sa tour, est le centre d'un ensemble qui rayonne au-delà de la Provence, regroupe dans un réseau d'obédiences un nombre important de lieux de vie monastique, d'églises paroissiales et de seigneuries. Fruit de multiples transactions (dons, ventes, échanges, contestations...) dont les chartes transcrites dans le cartulaire de l'abbaye rendent compte, l'Église lérinienne est le reflet des alliances tissées et renouvelées par l'aristocratie autour du monastère à l'époque féodale. À la mesure de sa reconnaissance comme lieu consacré à la prière et à l'intercession en faveur de l'ensemble des chrétiens, morts et vivants, le monastère bénédictin devient source de pouvoir et pôle de sociabilité. Dans une société régie par des valeurs chrétiennes, il est au cœur d'un système complexe d'échanges entre l'ici-bas et l'au-delà dans lequel les moines sont des médiateurs privilégiés. Dans ce contexte, l'abbaye se dote des ressources qui assurent la survie matérielle de la communauté pendant plusieurs siècles, alors que son statut et son ressort juridictionnel se définissent progressivement vis-à-vis de la hiérarchie ecclésiastique et des pouvoirs établis.
Après la période de prospérité et d'expansion des XIe et XIIe siècles, les transformations sociales et religieuses du XIIIe siècle entraînent une relative désaffection à laquelle Lérins répond par une entreprise de propagande hagiographique. Avec la rédaction en latin puis en provençal d'une Vie épique de saint Honorat, les moines revisitent les origines de l'abbaye pour diffuser sous une forme réactualisée la sainteté de l'île à travers son fondateur. Récit adressé aux princes angevins et à l'aristocratie, il cherche à attirer vers Lérins des pèlerins auxquels sont promises des nombreuses indulgences. Bien que mal connu, le pèlerinage à Lérins assorti de la dévotion locale à Honorat et aux martyrs lériniens marque les derniers siècles du Moyen Âge. Siècles de crise générale, le XIVe et le XVe à Lérins sont aussi caractérisés par l'intervention accrue de la papauté dans les affaires du monastère. Bien avant l'institution de la commende en 1464, en s'arrogeant souvent la nomination des abbés au détriment du choix des moines et à l'encontre de la tradition bénédictine, les papes vont contribuer à l'affaiblissement de l'autorité abbatiale sur laquelle reposait l'organisation de la congrégation lérinienne.