Les congrès internationaux d'histoire des sciences ont rarement été à l'abri des controverses politiques ou sociales, notamment dans les années 1930 et 1940. L'Académie internationale d'histoire des sciences, organisatrice des premiers congrès, n'a pu échapper aux débats publics sur le fascisme ou sur la fonction sociale de la science et de l'histoire des sciences. Le cas du 2e congrès (Londres, 1931) a été très étudié, avec la présence d'une délégation soviétique dirigée par Boukharine. Le 3e congrès, programmé à Berlin pour 1934, a été déplacé au Portugal après d'âpres débats. Le 4e a eu lieu en 1937 à Prague. Après une interruption pendant la guerre, le 5e congrès (Lausanne 1947) a vu la création de l'Union internationale d'histoire des sciences, avec une commission "histoire des relations sociales de la science" (Léon Rosenfeld, Samuel Lilley) sous la pression politique de l'Unesco, et plus particulièrement de Joseph Needham et de ses amis progressistes.