La principale transformation des politiques de recherche et d'innovation, intervenue au cours des deux dernières décennies, est le fait que l'intervention publique ne se confonde plus, avec celle de l'Etat, suite à l'irruption de l'Europe et des régions. Posant la question à partir du cas français et en s'appuyant sur une région (PACA), cette thèse examine comment se concrétise un aspect de ces changements, en direction des régions, entendues comme niveau de gouvernement intermédiaire. Les modalités de la décentralisation impliquent de distinguer le conseil régional de la région comme espace d'action publique et de replacer le conseil régional dans le maillage territorial des acteurs. Ce travail interroge dans quelle mesure les conseils régionaux sont des acteurs de la fabrique de l'action publique et de la gouvernance de la recherche. La mobilisation d'entretiens, d'observations, d'archives et de la littérature institutionnelle pemet une étude fine du cas de PACA. Une grille d'analyse en termes de capacité d'action est par ailleurs construite. L'hypothèse formulée d'une action publique hybride permet de rendre compte du mouvement de territorialisation et de régionalisation de l'action publique, tout en soulignant les permanences et les limites de la régionalisation politique. La recherche apparait comme un révélateur et comme un moteur de la capacité d'action régionale. Ce travail discute un certain nombre de propositions faites autour du rôle des régions dans le recherche. Ainsi, il montre que les changements intervenus ne peuvent faire oublier que l'Etat, qui a redéfini les modalités de son intervention, reste présent. Le changement d'échelle n'est pas un jeu à somme nulle, il n'y a pas un simple effet de vase communicant entre l'Etat et le niveau régional, car le changement d'échelle opère des déplacements d'intérêts, d'enjeux et de rôles à tous les niveaux.