Du Ve siècle à la conquête arabe de 712, Samarcande voit se succéder plusieurs dynasties, d'abord soumises aux grands empires nomades qui dominent l'Asie centrale, puis indépendantes de fait à partir de 640. Cette période, qui est aussi celle de l'apogée commercial de la ville, a laissé sa marque dans les fortifications urbaines encore visibles, tandis que les quartiers d'habitation recouverts par les niveaux islamiques sont moins connus.