Contrairement aux deux autres capitales Bactres et Termez dont le rôle de carrefour a toujours été dominant, le site d'Aï Khanoum est une sorte de bout du monde, à l'extrémité orientale de la plaine bactrienne, à faible distance des monts du Badakhshan d'où surgissent les cours de l'Oxus et de la Kokcha. Vaste champ de ruines triangulaire à la confluence des deux puissants cours d'eau qui le bordent, Aï Khanoum est situé dans un cadre majestueux et s'aperçoit de loin avec sa ville haute et sa citadelle qui surplombent la Kokcha, à l'avant de l'impressionnante falaise de la rive tadjique de l'Oxus. Nulle grande agglomération ne s'est développée à l'emplacement de la grande cité gréco-bactrienne. Les villages actuels eux-mêmes se sont tenus à l'écart du site dont la mise en culture par l'irrigation est interdite par la présence de la puissante levée de terre qui recouvre les vestiges du rempart de la ville basse, fermant au nord le troisième côté du site. Grâce à ce splendide isolement, le site a remarquablement été protégé et n'a été signalé que par un seul voyageur, le colonel Wood qui visita le site entre 1836 et 1838 et diagnostiqua ?an ancient city once stood here?.