En 2005, des travaux de restauration de la cathédrale de Saint-Claude avaient révélé le portail gothique, qui permettait l'accès à l'édifice depuis la galerie orientale du cloître. C'est en prévision de nouveaux travaux de restauration que Paul Barnoud (ACMH) a demandé, en 2008, à l'association APAHJ, une étude historique de l'édifice et une analyse d'archéologie du bâti de son mur gouttereau sud. Ce dernier résume en effet la chronologie de la construction dans ses grandes phases et conserve des vestiges - la plupart en négatif - du cloître de l'abbaye détruit à la fin du xviiie siècle. L'objectif de l'étude croisée des archives - en particulier les comptes de fabrique - et de l'analyse archéologique du bâti était donc de déterminer un phasage de la construction et de proposer une restitution du cloître et du portail gothique. Il s'agissait également de constituer une documentation graphique avant des travaux susceptibles de faire disparaître des vestiges intéressant sa construction : zones rubéfiées, encoches de poutre, appareils avec marques de tâcherons, etc. Le relevé a été réalisé à partir de photographies redressées ; les clichés ont ensuite été assemblés grâce à une prise de points par tachéomètre laser. La façade (près de 1 400 m2) a ensuite été redessinée pierre par pierre avec le logiciel Illustrator...