La bataille entre Bayle et Jurieu se poursuit au cours des années 1693-1696 après les moments dramatiques de la publication de l' "Avis aux réfugiés", de la diffusion du "projet de paix" de Goudet et de la double mise en accusation par Jurieu. Bayle s'amuse à diffuser des pamphlets mettant en cause la doctrine de Jurieu, qui "ouvrirait le ciel à tous les hommes" et qui préconiserait la "haine du prochain". De son côté, Jurieu soumet au consistoire de l’Église hollandaise de Rotterdam des extraits des "Pensées diverses sur la comète", qui sont sévèrement condamnés. Grâce à un changement des rapports de force au sein du "vroedschap" (conseil municipal) de Rotterdam - changement favorable aux orangistes - Jurieu y fait condamner l'enseignement de Bayle, qui est destitué de sa chaire à l’École Illustre. Le philosophe est soutenu par le libraire-imprimeur Reinier Leers, qui l'encourage à reprendre le travail sur le "Dictionnaire historique et critique" : c'est désormais dans les colonnes du "Dictionnaire" qu'il poursuit sa bataille contre le zèle du théologien. Bayle transforme son projet initial de recueil des erreurs de Moréri en projet de "Dictionnaire" à la fois historique et critique. Il a recours à un réseau très étendu d'historiens réputés qui lui fournissement les informations et les références dont il a besoin. Son réseau devient ainsi un véritable lieu intellectuel et son "Dictionnaire" représente l'espace idéal de la République des Lettres. Bayle participe ainsi à la "construction sociale" de la vérité historique qui se déploie au même moment, dans le domaine de l'authentification des diplômes, à Saint-Germain des Prés autour de Jean Mabillon et des mauristes et, dans celui de l'expérimentation scientifique, autour de Robert Boyle à la Royal Society de Londres.