Les mutations du cadre de référence de la conservation de la nature suscitent de nombreuses interrogations quant à leur opérationnalité. Il s’agit en effet de repenser un appareillage conceptuel et méthodologique impliquant de nouveaux acteurs et devant désormais s’appliquer à toutes les échelles du territoire, du réseau écologique continental au document d’urbanisme local. Nous exposons comment, face à ces enjeux, la géographie et la géomatique peuvent, ensemble, contribuer à ce renouvellement méthodologique pour concevoir de nouveaux outils pour décider ensemble. En mobilisant une approche par le paysage, associant enquête photographique et cartographie participative, nous proposons un dispositif de médiation entre les constructions institutionnelles et les représentations vernaculaires de la biodiversité à l’échelon local. Cette démarche exploratoire entend favoriser la mobilisation et l’appropriation des enjeux par les acteurs locaux. Elle place le chercheur dans une position de facilitateur et interroge la pertinence de la carte comme support de médiation.