La Mothe Le Vayer fait un usage paradoxal et polémique du scepticisme. Le discours des Dialogues semble conforme aux principes sceptiques, mais le dispositif rhétorique ironique du texte laisse apercevoir une position philosophique différente, dissimulée car subversive. La Mothe Le Vayer déclare explicitement que le scepticisme est la meilleure préparation évangélique, mais de façon sous-jacente, il détourne le pyrrhonisme vers l’athéisme. Le mode d’écriture ironique est l’instrument de ce dévoiement. Les arguments athées forment la trame sous-jacente du discours, en tant qu’ils décrivent les religions comme des phénomènes anthropologiques. Si le Dialogue sur la divinité semble proposer, dans une perspective isosthénique, la mise en balance du rationalisme chrétien contre l’athéisme, la présentation des arguments – faibles pour les chrétiens ; rigoureux pour les athées – rompt l’équilibre et ne saurait conduire à une suspension du jugement. Le scepticisme constitue alors un outil majeur utilisé dans le cadre de la polémique antichrétienne.