Les promoteurs de l'« enseignement du fait religieux » à l'école publique utilisent souvent des distinctions conceptuelles issues des sciences sociales. La distinction entre « les religions » et « le religieux » est particulièrement mobilisée. Ces deux termes sont ambigus en raison de la coexistence de deux paradigmes, celui de la sécularisation des religions et celui de la recomposition du religieux. Cela explique une certaine indétermination des objectifs de l'enseignement du fait religieux, qui dérive parfois vers un enseignement religieux.