L'intérêt de la recherche dans le domaine de la coopération territoriale est stratégique non seulement pour les universitaires et le monde académique, mais aussi, et surtout, pour les acteurs eux-mêmes. En effet, les pratiques de coopération sont récentes et même, dans certains lieux ou certains domaines, encore émergentes. C'est pourquoi il n'existe pas en la matière de corpus de connaissances constitué de longue date, validé par une communauté reconnue scientifiquement et, à ce titre, académiquement légitime. Dans ces conditions, la transmission du savoir, c'est-à-dire l'enseignement et la formation indispensables à la professionnalisation des acteurs, est indissociable de sa production, c'est-à-dire de la recherche. Pourtant la situation de la recherche dans ce domaine est paradoxale, comme permet de l'établir un état des lieux sommaire: - l'originalité du domaine et ses singularités attirent de nombreux chercheurs de toutes disciplines qui viennent butiner des réalités empiriques nouvelles et peu explorées ; ce faisant, ils s'attirent pendant quelques temps un succès de curiosité; - mais, l'institution académique a du mal à prendre au sérieux des travaux qui sortent nécessairement des sentiers battus et, dans aucun champ disciplinaire, les problématiques transfrontalières et la coopération territoriale ne constituent des thèmes de recherche réellement reconnus ; - lesdits chercheurs font donc souvent trois petits tours et puis s'en vont, dès que la saveur exotique de leur démarche a cessé de flatter les palais universitaires; - ceux pour qui les thématiques transfrontalières constituent, dans la durée, un objet central de travail sont donc rares ; - par ailleurs, la nature même des pratiques sociales et institutionnelles concernées par les dynamiques transfrontalières implique des approches mettant en jeu le concours de plusieurs disciplines, qu’elles soient pluridisciplinaires ou interdisciplinaires, ce qui aggrave encore le déficit de légitimité académique. Après avoir détaillé les éléments de ce constat, il s’agit ici d’esquisser un programme de recherches interdisciplinaires sur les dynamiques transfrontalières et la coopération territoriale, à la fois dans ses orientations problématiques et ses implications méthodologiques.