Si les doctorants contribuent au même titre que les chercheurs « en poste » à l’élaboration de la production scientifique, ils n’occupent pas pour autant une place stabilisée dans l’espace académique et gardent administrativement le statut d’étudiant tout au long de leur thèse. Cet article se propose d’étudier le processus de socialisation de ces « apprentis chercheurs » dans deux laboratoires en sciences sociales au sein desquels l’horizontalité dans les rapports entretenus entre titulaires et doctorants est valorisée. Il entend montrer comment ces structures façonnent leurs membres au cours des années de thèse, mais aussi la manière dont les doctorants, entre ressources et contraintes, « travaillent » leur institution par des opérations de (dés)investissement ou de (ré)appropriation de dispositifs conçus pour, avec ou par eux dans les laboratoires. A travers les modes d’organisation et d’agencement de certaines activités, les modalités de prise de parole dans les arènes du laboratoire, voire dans les sollicitations des doctorants en direction des titulaires, réapparaissent des marqueurs de relations hiérarchiques. C’est cette tension entre une politique d’horizontalité et le constat d’une verticalité structurant la socialisation des doctorants au sein des laboratoires que ce collectif d’auteurs se propose d’interroger afin de saisir les déterminants sociaux et institutionnels de cette socialisation de laboratoire.