Cet article s’intéresse aux façons dont les institutions éducatives, du fait d’attentes, de représentations et de pratiques plurielles des agents et publics scolaires, façonnent des rapports différenciés aux sciences qui excluent certains élèves des filières et professions scientifiques. À partir d’une enquête qualitative longitudinale menée pendant quatre ans (CM1-5e) par observations d’ateliers sciences et entretiens avec des enfants, des parents et des éducateur-trice-s, il s’agit de montrer comment l’altérisation et la responsabilisation des élèves en contexte scolaire ségrégé donnent lieu à des traitements différenciateurs qui reproduisent les inégalités devant les sciences. Ce texte aborde plus particulièrement le cas des jeunes garçons issus des classes populaires que l’éducation scientifique, émaillée de malentendus scolaires, cantonne à des compétences et horizons professionnels relevant moins des sciences que du travail technique et manuel.