Toutefois, en ce qui concerne le sujet qui intéresse cet ouvrage, à savoir la place des instruments dans l'histoire des pratiques expérimentales, l'oeuvre de Bernard a une valeur ambivalente. Fidèle à la tradition physiopathologique, Bernard considérait l'instrument exclusivement comme continuation de la main du savant faisant du bistouri l'outil scientifique par excellence. Il considérait le développement en Allemagne, au milieu du XIX e siècle, de ce qu'on commençait à appeler « méthode graphique » comme une forme de réductionnisme physicaliste incapable de saisir la spécificité de la vie, à laquelle il opposait une forme « expérimentale de vitalisme » dans lequel la maladie jouait le rôle « d'expérience naturelle » 1 .