Les premières traces d’occupation sur le site, un fossé et des trous de poteaux, datent du IXe siècle et à l’exception de deux tessons de céramique gallo-romaine, nous notons l’absence de mobilier résiduel plus ancien. Il semblerait donc qu’une première mise en valeur de la campagne à cet endroit ait eu lieu au cours de l’époque carolingienne, c’est-à-dire deux siècles environ avant la première mention de Charonne dans un acte de Robert II à la fin du Xe siècle. Rapidement, une série de trente-deux sépultures est observée sur le site. Le mobilier céramique, rare dans ces contextes funéraires du haut Moyen Âge, appartient à l’horizon chronologique des IXe et Xe siècles. La densité des structures funéraires parait exclure l’hypothèse d’un groupe d’inhumations isolées au sein de l’habitat comme cela peut être le cas à cette période (Pecqueur 2003). Et si, en l’état actuel de nos connaissances, aucun édifice religieux n’existe alors, il faut voir en ce groupe d’inhumations la naissance d’un cimetière villageois qui sera à l’origine de la première église selon un processus de polarisation décrit par M. Lauwers notamment (Lauwers 2005, voir en particulier le chapitre V sur la formation de l’espace funéraire chrétien). Nous assistons en effet à une structuration de cet espace funéraire par la construction de l’église originelle que nous nous proposons de dater du début du XIIe siècle (l’église est citée pour la première fois en 1140). Le creusement d’une abside semi-circulaire vient alors percer les anciennes sépultures et deux départs de maçonneries prolongeant l’abside vers l’ouest indiquent que nous sommes certainement en présence d’un édifice de type basilical à une nef de 7,50 m de largeur. À ce premier état de l’église de Charonne sont associées vingt sépultures qui sont creusées au pied du chevet, à l’extérieur de l’édifice. Pour cette période, aucune inhumation in ecclesia n’a été repérée. Dans le comblement des fosses sépulcrales, nous retrouvons de façon classique des dépôts de vases flammulés datés du XIVe siècle. Au milieu du XVe siècle, l’église est reconstruite presque entièrement. Le nouveau chevet plat est agrandi vers l’est, englobant ainsi l’espace qui auparavant accueillait les inhumations de la phase précédente. Les deux piliers qui soutiennent encore la voûte du chœur sont installés sur la maçonnerie de l’ancienne abside. Deux séries d’aménagement structurent l’espace intérieur : entre les deux piliers du chœur, une maçonnerie continue comportant en son centre un fût de colonne devait servir de fondation pour un dispositif de séparation entre la nef et l’espace réservé au clergé (jubé, chancel ?) ; au sud, des cloisons de plâtre fermaient également l’espace entre les deux dernières travées du collatéral sud. Seul un étroit couloir devait permettre de circuler entre les deux. L’opération de fouille du chœur de l’église Saint-Germain de Charonne a permis d’appréhender les premières traces d’occupation sur le versant de la butte de Ménilmontant à l’époque carolingienne. Il s’agit de fait du premier témoignage concernant l’existence du village. Le site est très intéressant du point de vue de l’évolution des pratiques funéraires puisqu’il permet de suivre la structuration de cet espace sacré sur plus d’un millénaire, depuis l’époque où nous sommes en présence très probablement d’une nécropole isolée jusqu’à la création de l’église au XIIe siècle puis au travers de toutes ses évolutions de la fin du Moyen Âge jusqu’à l’époque contemporaine.