A western Sahara centre of domestication inferred from pearl millet genomes
Un centre de domestication au Sahara occidental pour le millet perlé déduit des génomes
Concetta Burgarella
(1, 2)
,
Philippe Cubry
(2)
,
Ndjido A Kane
(3)
,
Rajeev K Varshney
(4)
,
Cedric Mariac
(2)
,
Xin Liu
(5)
,
Chengcheng Shi
(5)
,
Mahendar Thudi
(4)
,
Marie Couderc
(2)
,
Xun Xu
(5)
,
Annapurna Chitikineni
(4)
,
Nora Scarcelli
(2)
,
Adeline Barnaud
(2, 3)
,
Bénédicte Rhoné
(2, 6)
,
Christian Dupuy
(7)
,
Olivier François
(8)
,
Cécile Berthouly-Salazar
(2)
,
Yves Vigouroux
(2)
1
UMR AGAP -
Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
2 UMR DIADE - Diversité, adaptation, développement des plantes
3 LAPSE - LMI Adaptation des Plantes et microorganismes associés aux Stress Environnementaux [Dakar]
4 ICRISAT - International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics [Inde]
5 BGI - Beijing Genomics Institute [Shenzhen]
6 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
7 IMAF - Institut des Mondes Africains
8 TIMC-MAGe - Modèles et Algorithmes pour la Génomique
2 UMR DIADE - Diversité, adaptation, développement des plantes
3 LAPSE - LMI Adaptation des Plantes et microorganismes associés aux Stress Environnementaux [Dakar]
4 ICRISAT - International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics [Inde]
5 BGI - Beijing Genomics Institute [Shenzhen]
6 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
7 IMAF - Institut des Mondes Africains
8 TIMC-MAGe - Modèles et Algorithmes pour la Génomique
Concetta Burgarella
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1220259
- ORCID : 0000-0003-4522-4297
Philippe Cubry
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1192369
- IdHAL : philippecubry
Chengcheng Shi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1220260
- ORCID : 0000-0003-2154-5491
Bénédicte Rhoné
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1101233
- ORCID : 0000-0002-4198-622X
- IdRef : 132372487
Cécile Berthouly-Salazar
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1220261
- ORCID : 0000-0002-0685-6745
Yves Vigouroux
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1078534
Résumé
There have been intense debates over the geographic origin of African crops and agriculture. Here, we used whole-genome sequencing data to infer the domestication origin of pearl millet (Cenchrus americanus, syn. Pennisetum glaucum). Our results supported an origin in western Sahara, and we dated the onset of cultivated pearl millet expansion in Africa to 4.900 years ago. We provided evidence that wild-to-crop gene flow increased cultivated genetic diversity leading to diversity hotspots in western and eastern Sahel and adaptive introgression of 15 genomic regions. Our study reconciled genetic and archaeological data for one of the oldest African crops.
L'origine géographique de la culture et de l'agriculture des céréales africaines a fait l'objet d'intenses débats. Nous utilisons ici les données du séquençage complet du génome du millet perlé (Cenchrus americanus, syn. Pennisetum glaucum) pour en déduire l'origine de sa domestication. Nos résultats confirment que ce foyer se situe au Sahara occidental, et nous datons le début de l'expansion de la culture de cette graminée à 4.900 ans. Nous démontrons qu’une augmentation du flux de gènes des variétés sauvages est à l’origine de la diversité génétique de la plante cultivée, lequel phénomène a conduit à des points chauds de diversité dans l'ouest et l'est du Sahel et à l'introgression adaptative de 15 régions génomiques. Les données génétiques et archéologiques s’accordent et permettent de retracer l’histoire ancienne de l’exploitation alimentaire de cette céréale africaine.
Domaines
Archéologie et Préhistoire Archéologie et Préhistoire Evolution [q-bio.PE] Evolution [q-bio.PE] Génétique des plantes Génétique des plantes Sciences agricoles Sciences agricolesFormat du dépôt | Fichier |
---|---|
Type de dépôt | Article dans une revue |
Titre |
en
A western Sahara centre of domestication inferred from pearl millet genomes
fr
Un centre de domestication au Sahara occidental pour le millet perlé déduit des génomes
|
Résumé |
en
There have been intense debates over the geographic origin of African crops and agriculture. Here, we used whole-genome sequencing data to infer the domestication origin of pearl millet (Cenchrus americanus, syn. Pennisetum glaucum). Our results supported an origin in western Sahara, and we dated the onset of cultivated pearl millet expansion in Africa to 4.900 years ago. We provided evidence that wild-to-crop gene flow increased cultivated genetic diversity leading to diversity hotspots in western and eastern Sahel and adaptive introgression of 15 genomic regions. Our study reconciled genetic and archaeological data for one of the oldest African crops.
fr
L'origine géographique de la culture et de l'agriculture des céréales africaines a fait l'objet d'intenses débats. Nous utilisons ici les données du séquençage complet du génome du millet perlé (Cenchrus americanus, syn. Pennisetum glaucum) pour en déduire l'origine de sa domestication. Nos résultats confirment que ce foyer se situe au Sahara occidental, et nous datons le début de l'expansion de la culture de cette graminée à 4.900 ans. Nous démontrons qu’une augmentation du flux de gènes des variétés sauvages est à l’origine de la diversité génétique de la plante cultivée, lequel phénomène a conduit à des points chauds de diversité dans l'ouest et l'est du Sahel et à l'introgression adaptative de 15 régions génomiques. Les données génétiques et archéologiques s’accordent et permettent de retracer l’histoire ancienne de l’exploitation alimentaire de cette céréale africaine.
|
Auteur(s) |
Concetta Burgarella
1, 2
, Philippe Cubry
2
, Ndjido A Kane
3
, Rajeev K Varshney
4
, Cedric Mariac
2
, Xin Liu
5
, Chengcheng Shi
5
, Mahendar Thudi
4
, Marie Couderc
2
, Xun Xu
5
, Annapurna Chitikineni
4
, Nora Scarcelli
2
, Adeline Barnaud
2, 3
, Bénédicte Rhoné
2, 6
, Christian Dupuy
7
, Olivier François
8
, Cécile Berthouly-Salazar
2
, Yves Vigouroux
2
1
UMR AGAP -
Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
( 1096441 )
- TA A-108 / 03 - Avenue Agropolis - 34398 Montpellier Cedex 5 France
- France
2
UMR DIADE -
Diversité, adaptation, développement des plantes
( 1100723 )
- Centre IRD de Montpellier 911 av Agropolis BP 604501 34394 Montpellier cedex 5
- France
3
LAPSE -
LMI Adaptation des Plantes et microorganismes associés aux Stress Environnementaux [Dakar]
( 412542 )
- Centre de Recherche de Bel-Air
BP 1386
CP 18524 Dakar
- Sénégal
4
ICRISAT -
International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics [Inde]
( 212719 )
- Patancheru 502 324
Telangana State
- Inde
5
BGI -
Beijing Genomics Institute [Shenzhen]
( 228027 )
- 11F, Bei Shan Industrial Zone Yantian District Shenzhen 518083
- Chine
6
LBBE -
Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
( 10025 )
- 43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX
- France
7
IMAF -
Institut des Mondes Africains
( 245719 )
- IMAF - CNRS
3e étage - pièce 324
27 rue Paul Bert
94204 Ivry-sur-Seine cedex
- France
8
TIMC-MAGe -
Modèles et Algorithmes pour la Génomique
( 1135218 )
- Domaine de la Merci, 38706 La Tronche, France
- France
|
Langue du document |
Anglais
|
Nom de la revue |
|
Vulgarisation |
Non
|
Comité de lecture |
Oui
|
Audience |
Internationale
|
Date de publication électronique |
2018-08-06
|
Volume |
2
|
Numéro |
9
|
Page/Identifiant |
1377-1380
|
Public visé |
Scientifique
|
Date de publication |
2018
|
Domaine(s) |
|
Projet(s) ANR |
|
Financement |
|
Mots-clés |
en
Phylogenetics, millet (Cenchrus americanus), domestication, Western Sahara, protohistory
fr
Phylogénétique, mil (Cenchrus americanus), domestication, Sahara occidental, protohistoire
|
DOI | 10.1038/s41559-018-0643-y |
Base Horizon | fdi:010073956 |
Fichier principal
A western Sahara centre of domestication inferred from pearl millet genomes.pdf ( 2.07 Mo
)
Télécharger
Origine :
Accord explicite pour ce dépôt
Commentaires : J'ai obtenu l'accord explicite de cet éditeur pour ce dépôt particulier
Commentaires : J'ai obtenu l'accord explicite de cet éditeur pour ce dépôt particulier
Loading...