L’industrie agroalimentaire (IAA) a été choisie avec d’autres branches dans le cadre du projet SQUAPIN du fait du poids de l’emploi peu qualifié (plus de 45 % des effectifs), de l’importance des catégories ouvrières (58,6 %) et employées (11,9 %), de la forte présence du travail saisonnier et précaire dans certaines branches, notamment pour les salariés les moins qualifiés, mais aussi du fait de sa place particulière dans l’industrie manufacturière. Cette étude souligne la part élevée d’une main-d’œuvre faiblement qualifiée et une part importante de travail à bas salaires un peu au-dessus de la moyenne nationale (11,6 % en 2003 dans l’IAA contre 10,4 % dans l’ensemble de l’économie). Mais la situation n’est pas uniforme puisque dans deux branches spécifiquement étudiées (industries charcutières et chocolaterie-confiserie) ce taux de travail à bas salaires est inférieur à la moyenne nationale et plus proche de celui de l’industrie dans son ensemble, alors que les ouvriers non qualifiés y représentent respectivement 60 % et 46 % de l’ensemble des ouvriers au début des années 2000. Cette étude met ainsi en évidence une meilleure structuration sur le « plan professionnel et de la négociation collective » dans certaines branches de l’IAA que dans d’autres secteurs des services étudiés (principalement l’hôtellerie et le commerce de détail) et le rôle protecteur de cette structuration, en référence au « modèle d’emploi français », notamment en terme salarial mais aussi concernant les possibilités de formation.