Ce volume 1 de mon Habilitation à diriger les recherches (HDR) est un essai scientifique inédit qui me permet de synthétiser et de mettre en perspective les travaux de recherche effectués depuis le début de ma carrière de maître de conférences en géographie à l’Université Lyon 3 Jean Moulin et au laboratoire Environnement Ville Société (2016-2023). Au fil de ce mémoire, je cherche à montrer dans quelle mesure la spatialisation des réseaux écologiques peut permettre d’évaluer les perturbations des activités anthropiques sur les écosystèmes. J’émets l’hypothèse que la spatialisation cartographique et explicite des réseaux écologiques permet de les ancrer dans les territoires et de diffuser et valoriser les connaissances scientifiques vers les sphères non scientifiques, qu’elles soient politiques, opérationnelles ou citoyennes. Après une synthèse bibliographique sur les grands concepts et principes de l’écologie du paysage et de la protection de biodiversité, je montre comment les réseaux écologiques peuvent être modélisés, en particulier à l’aide de graphes paysagers. Je m’attache ensuite à présenter des pistes méthodologiques pour calibrer et paramétrer ces modèles, que ce soit à l’aide de données cartographiques et de données biologiques empiriques ou issues de la littérature scientifique. Je montre ensuite comment les paramètres d’entrée des modèles de simulation des réseaux écologiques (ici Graphab) peuvent être enrichis et discutés à l’aide de méthodes collaboratives et participatives. Enfin, je présente différents types de résultats issus de ces modèles et leurs usages principaux : aide à la décision dans le domaine de la planification urbaine (urbanisation, végétalisation) et aide à la mobilisation dans un contexte de lutte contre des grands projets d’aménagement (construction d’une autoroute). Pour le géographe que je suis, la diffusion de ces résultats est réalisée grâce à des techniques cartographiques qui permettent de créer un media de discussion pertinent pour les différents types d’acteurs, qu’ils soient élus, praticiens ou citoyens. À travers les différents cas d’études abordés pendant ces dernières années dans des contextes différents, je défends ainsi que le fait que la territorialisation des réseaux écologiques, en impliquant à la fois les territoires et leurs acteurs, peut permettre un transfert de connaissances et de compétences entre scientifiques et non-scientifiques pour une meilleure prise en compte de la biodiversité dans les opérations d’urbanisme et d’aménagement du territoire.