Ce papier analyse historiquement les évolutions des institutions dans le SNRI français sur la décennie 1985-1996 et leur processus d'apprentissage d'un nouveau paradigme de production des connaissances et d'innovation, à partir du cas des sciences du vivant et des biotechnologies. Il examine, en terme de performance pour la construction d'un « espace d'innovation », les effets conjugués d'une part de l'action publique et de ses instruments pour favoriser à la fois une base de création de connaissances liées aux biotechnologies et la commercialisation des résultats de la recherche, et d'autre part de la diffusion d'un « modèle » de co-production des connaissances et d'hybridation entre activités scientifiques, techniques, industrielles, et politiques (modèle de la Triple Hélice), support de la « knowledge-based economy ». La construction de cet espace est entravée par le déficit de coordination institutionnelle, lié aux spécificités sociétales françaises (path dependancy). Ces évolutions, repérables dans les dispositifs d'action publique incitative qui tendent à substituer à l'action top/down de l'Etat une multiplication et une variété des acteurs de la construction des politiques publiques, s'inscrivent surtout dans l'émergence d'un nouveau référent de politique publique S§T qui nourrit une rhétorique dans l'appareil étatique ; mais elles préfigurent la mise en place d'institutions intermédiaires de transfert circulaire entre la recherche et le monde socioéconomique, qui seront soutenues par l'ouverture du jeu aux collectivités territoriales (« génopole » et autres institutions...).