Cette contribution croise les connaissances relatives à trois objets souvent traités séparément (les institutions d'enseignement supérieur, la science et l'inquisition romaine) dans le but de tracer quelques pistes de recherche permettant d'envisager la reconstitution de la dynamique d'un espace intellectuel dans toute sa complexité, à partir d'une approche soucieuse d'inscrire une analyse fine des positions des acteurs, ou des conflits et des rapports de force au sein des institutions, dans un contexte plus large. Un tel projet ne peut pas être l'œuvre d'une seule personne mais il doit tirer profit de plate-formes collaboratives pour la recherche en histoire, telle celle mise en place par le projet SyMoGIH, ainsi que de la masse de données désormais accessibles sur le Web.