Nous présentons une méthodologie pour étudier les phénomènes de référence, d’anaphore et de coréférence dans des textes écrits, en suivant les avancées de la linguistique de corpus outillée, c’est-à-dire l’analyse linguistique qui exploite des outils informatiques à la fois pour l’annotation, la visualisation et l’interrogation de corpus. Cette méthodologie s’est construite en parallèle avec une étude sur les chaînes de coréférence dans des textes narratifs, étude qui a entretenu dès son commencement des liens avec les recherches et développements actuels autour des outils d’annotation. Nous présentons ainsi les fonctionnalités de l’outil Analec utilisé et amélioré lors de cette étude. Nous faisons également un bilan sur les fonctionnalités attendues pour un logiciel d’annotation dédié à l’anaphore et la coréférence, et sur les problèmes rencontrés dès que l’on annote, manuellement ou semi-automatiquement, des phénomènes qui font appel à l’interprétation.