Les Zones Naturelles d’Intérêts Ecologiques, Faunistiques et Floristiques (ZNIEFF) mettent en inventaire et cartographient le patrimoine naturel national. Le débat sur leur intérêt dans l’aménagement du territoire questionne leur légitimité et leur assise scientifiques. Dans cet article nous présentons les connaissances et méthodes utilisées lors de leur création ainsi que leurs limites. Nous illustrons l’évolution de la connaissance par la comparaison des inventaires en régions Languedoc-Roussillon et Provence-Alpes-Côte d'Azur (PACA). Les ZNIEFF constituent un porter-à-connaissance des enjeux de conservation permettant la prise en compte des conditions d’existence de la biodiversité dans les politiques publiques de planification. Elles révèlent nos difficultés à mesurer la biodiversité et à nous penser dans la nature.