Le protocole d'étude retenu s'articule autour de l'analyse pétrographique. Celle-ci s'accompagne également d'une prise en compte des facteurs environnementaux, ainsi que des contraintes techniques, socio-économiques, historiques et culturelles. Il est alors possible, à l'échelle d'un site archéologique, de constater une variabilité dans ces produits originaux sur une large fourchette chronologique (Ve-XIXe s.). Cet aspect est plus spécifiquement développé pour les sites de l'abbaye Saint-Germain d'Auxerre, où un certain degré de correspondance entre la typologie des mortiers et la chronologie relative peut être démontré. Le mortier peut alors être considéré comme un outil typochronologique pouvant résoudre des nœuds stratigraphiques dus à l'absence ou à la faiblesse des informations purement archéologiques. La typologie est établie suivant les caractéristiques pétrographiques des différents constituants des mortiers, et par leurs proportions respectives. D'autres paramètres sont pris en compte comme la porosité et les ajouts (fibres végétales et animales, charbons de bois, tuileau. . .). Cette volonté de simplification dans le protocole a été commandée par les problématiques archéologiques qui demandent souvent des résultats rapides et peu coûteux.