Les hydrosystèmes secondaires, notamment dans l’Ouest de la France, sont en mutation depuis de nombreuses décennies. Leur gestion, confiée aux services de l’Etat (Ingénieurs des Ponts et Chaussées) jusqu’au milieu du XXe siècle, était orientée vers le besoin de ressource en eau, tout en cherchant à prévenir le risque d’inondation. A partir du début des années 1960, et avec la première loi sur l’eau, la gestion a été confiée aux Syndicats de travaux (anciens Syndicats de rivières) avec comme priorité d’aménager ces objets en lien avec les remembrements parcellaires en cours et d’« assainir » les terres agricoles qui les bordent. D’importants travaux hydrauliques ont alors été menés. Depuis le début du XXIe siècle, les Syndicats de rivières ont entrepris des actions de suppression des différents ouvrages et de diversification d’écoulement des cours d’eau dans un objectif de restauration des continuités écologiques et de préservation de la biodiversité, préconisées par la Directive Cadre sur l’Eau. Ce dernier paradigme remettant en cause les aménagements passés. Ces modes de gestion, aux visées bien distinctes, ont entrainé des modifications morphologiques importantes. Il nous parait pertinent d’étudier ces dynamiques paysagères, notamment dans le but de comprendre les enjeux contemporains et futurs (quantité d’eau, continuités écologiques et biodiversité, pêche, cadre de vie…) liés à ces petites vallées. Cette analyse s’attachera à caractériser les changements, à les quantifier (par le biais d’indicateurs morphologiques) et à les spatialiser afin d’identifier les différents facteurs de contrôle intervenant dans ces dynamiques et ainsi de dégager des typologies de trajectoires paysagères. La thèse dans laquelle cette étude s’insère s’intéresse à deux hydrosystèmes secondaires tributaires de la Loire, l’Aubance et le Couasnon. L’analyse comparative permettra d’étudier les évolutions morphologiques dans des contextes agricoles et géomorphologiques distincts. La méthodologie employée comprend la comparaison de données anciennes et actuelles, la vérification de terrain et un travail d’analyse spatiale par le biais des outils et méthodes empruntés à la géomatique. Ce projet de recherche a pour ambition d’analyser les changements morphologiques des hydrosystèmes dont le développement des boisements de fonds de vallées, révélateur des pratiques de gestion que les enjeux génèrent.