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Pattern mining and CRF for symptoms recognition in biomedical texts

Fouille de motifs et CRF pour la reconnaissance de symptômes dans les textes biomédicaux

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Abstract

Pattern mining and CRF for symptoms recognition in biomedical texts. In this paper, we tackle the issue of symptoms recognition in biomedical texts. There is not much attention to this problem in the literature and it does not exist to our knowledge an annotated dataset to train a model. We propose two weakly-supervised approaches to extract these entities. The first is based on pattern mining and introduces a new constraint based on semantic similarity. The second represents the task as sequence labeling using CRF (Conditional Random Fields). We describe our experiments which show that the two approaches are complementary in terms of quantification (recall and precision). We further show that their combination significantly improves the results.
Dans cet article, nous nous intéressons à l'extraction d'entités médicales de type symptôme dans les textes biomédicaux. Cette tâche est peu explorée dans la littérature et il n'existe pas à notre connaissance de corpus annoté pour entraîner un modèle d'apprentissage. Nous proposons deux approches faiblement supervisées pour extraire ces entités. Une première est fondée sur la fouille de motifs et introduit une nouvelle contrainte de similarité sémantique. La seconde formule la tache comme une tache d'étiquetage de séquences en utilisant les CRF (champs conditionnels aléatoires). Nous décrivons les expérimentations menées qui montrent que les deux approches sont complémentaires en termes d'évaluation quantitative (rappel et précision). Nous montrons en outre que leur combinaison améliore sensiblement les résultats.
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Dates and versions

halshs-01727081 , version 1 (12-03-2018)

Identifiers

  • HAL Id : halshs-01727081 , version 1

Cite

Pierre Holat, Nadi Tomeh, Thierry Charnois, Delphine Battistelli, Marie-Christine Jaulent, et al.. Fouille de motifs et CRF pour la reconnaissance de symptômes dans les textes biomédicaux. 23e conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN’16), Jul 2016, Paris, France. pp.194-206. ⟨halshs-01727081⟩
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