Dans un contexte où les femmes sont de moins en moins nombreuses à enseigner l'éducation physique et sportive, cet article, attentif aux représentations du métier de professeur d'EPS par les lycéennes et lycéens, propose une réflexion épistémologique en méthodologie de la recherche. Prenant acte de la complexité de l'usage des catégories de sexe au regard du renversement conceptuel du genre, le débat porte sur les choix méthodologiques effectués dans le cadre d'une enquête par questionnaires. Comment appréhender les similitudes ou les écarts entre les élèves selon leur sexe, sans essentialiser les catégories de sexe ? Comment utiliser les catégories de sexe tout en se réclamant des études de genre, dont les derniers développements conceptuels remettent précisément en cause l'intangibilité et la binarité des catégories de sexe ? Comment construire des outils méthodologiques pertinents au regard des outils théoriques adoptés, en tenant compte de leurs implications scientifiques et éthiques ? Autant de questions soulevées dans ce retour d'enquête réflexif sur le caractère socialement construit des catégories d'analyse. Méfiant vis-à-vis de la reproduction des assignations de sexe, l'article revient sur les étapes de développement du concept de genre, avant d'en envisager des applications méthodologiques, puis d'ouvrir sur de possibles prolongements à l'intersection des dominations.