Lorsqu’il dépasse la période carolingienne qui fit sa renommée, l’historien de la grande abbaye auxerroise se trouve rapidement contraint d’aborder une question délicate et récurrente, celle des empreintes laissées à St-Germain par Cluny. Si les liens noués entre les deux monastères depuis le Xe siècle sont attestés par la tradition historiographique, celle-ci reste parfois obscure et allusive quant à leur exacte nature et diverge surtout singulièrement selon son origine auxerroise ou clunisienne. Il s’agit alors de démêler l’écheveau des relations entre ces deux grands centres du monachisme bourguignon marquées, entre le Xe et le XIIIe siècle, par le passage successif de temps de bienveillances, d’alliances et de conflits.