Les caractéristiques inhérentes aux outils biotechnologiques ont eu pour conséquences en rapprochement industrie - communauté scientifique sans précédent et un brouillage des frontières entre recherche fondamentale et recherche appliquée, reconfigurant lentement la structure de l'industrie pharmaceutique. Cette reconfiguration implique aussi bien le développement de nouveaux processus de découverte de médicaments, que celui de formes particulières de coordination entre agents économiques et institutionnels permettant de viabiliser ces processus (alliances et partenariats). L'objet de cet article est de s'interroger sur les domaines pertinents des notions de confiance et de proximité appliquées aux descriptions des dynamiques de la R&D observées dans l'industrie pharmaceutique. Nous montrons qu'il est possible de fonder sur ces notions une théorie appréciative de ces dynamiques, dont l'un des intérêts est de proposer une interprétation de certaines tendances émergentes à la fermeture des réseaux d'alliances et de partenariat en R&D dans cette industrie.