Dans le système politique d’un État, le rôle que joue la haute fonction publique constitue une problématique centrale, en ce que l’efficacité de l’action gouvernementale et la réalisation du principe démocratique en dépendent. À partir des années 1990, la haute administration japonaise fut la cible de critiques fustigeant ses échecs et son autonomie jugée excessive vis-à-vis du pouvoir politique élu. Aussi, au début des années 2000, plusieurs réformes inspirées du courant de la nouvelle gestion publique furent mises en œuvre, afin notamment de renforcer le leadership des responsables politiques et leur contrôle sur les hauts fonctionnaires. Notre travail examine ces réformes et analyse les évolutions perçues dans le processus décisionnel et les relations politico-administratives au cours de ces quinze dernières années, en prenant soin de nous défaire de la grille de lecture simpliste opposant les élus aux agents de la fonction publique. L’étude approfondie du gouvernement Koizumi (2001-2006) et du passage au pouvoir du Parti démocrate (2009-2012), qui révèle des transformations de nature incrémentale, mais également la persistance de certaines pratiques, nous amène à envisager d’autres variables explicatives que le simple changement institutionnel. Pour ce faire, nous faisons appel aux outils théoriques proposés par les divers courants néo-institutionnalistes, insistant sur le poids du passé et l’influence des différentes idées partagées par les acteurs. Nous nous basons sur un important corpus de sources primaires et secondaires, notamment en langue japonaise, sur des données quantitatives, ainsi que sur plusieurs entretiens réalisés auprès de hauts fonctionnaires japonais.