L'université de Toulouse, reconstituée en 1896, était la seule avec celle de Paris à comporter les cinq facultés grâce au rattachement de la faculté de théologie protestante de Montauban. Cette reconstitution avait nécessité une union sacrée toulousaine impliquant une grosse implication de la ville de Toulouse pour l'érection de la faculté de médecine et son rapprochement avec les hospices liés par un traité aux sœurs de Saint Vincent de Paul. Alors que les progrès de la science étaient invoqués par les anticléricaux dans leur lutte contre l'Église catholique, les deux figures de proue de la faculté des sciences de Toulouse durant cette période, Benjamin Baillaud et Paul Sabatier, étaient notoirement catholiques. L'article montre comment la conception de la neutralité de l'état vis à vis des religions qu'avait le recteur Perroud comme l'attitude de Jaurès, adjoint à l'instruction publique à la mairie de Toulouse ont permis l'élaboration d'un « compromis toulousain » permettant un apaisement des relations avec l'Église.