Dans le contexte politique international créé par le sac du Palatinat et par la Glorieuse Révolution, Bayle entre dans l'ère du soupçon. Il publie, en avril 1690, l'Avis aux réfugiés, terrible pamphlet où il s'insurge contre la mise en scène par Jurieu de la politique de Guillaume III comme étant celle, providentielle, d'un nouveau David, et dénonce toute alliance entre la religion et la politique. Bayle commet une nouvelle imprudence. Il fait copier un projet de paix en Europe et le communique à différentes personnalités politiques. Jurieu découvre avec indignation cet écrit. Dénoncé comme un traître à l'Etat et à la Réforme, Bayle se défend vigoureusement. C'est une explosion de pamphlets d'un côté et de l'autre. Cette interminable polémique aboutira à sa destitution de sa chaire à l'Ecole Illustre de Rotterdam. C'est un tournant capital dans sa carrière. Informé par Saint-Réal, Minutoli fournit à Bayle le détail des événements militaires et politiques qui marquent le 'glorieux retour' des vaudois. Bayle leur consacre un chapitre de l'Avis aux réfugiés, où il les condamne sans réserve. Ils n'ont pas respecté l'autorité souveraine du roi ; ils ont rompu le pacte civil. Ses adversaires tirent la morale de cette leçon en appliquant la même conclusion à l'expulsion des huguenots du royaume de France en 1685. En paraissant ainsi justifier la Révocation, décidément, Bayle s'isole.