La dernière période de la vie de Bayle est d’une grande intensité intellectuelle et d’une grande fécondité. Grâce au répit conquis au moyen des Eclaircissements, il peut composer son œuvre philosophique la plus accomplie, la Continuation des pensées diverses (1705), accompagnée de la Réponse aux questions d’un Provincial (1704-1707) et suivie par sa réfutation (inachevée mais décisive) de la théologie rationaliste, Entretiens de Maxime et de Thémiste (1707). C’est une période de conflit philosophique et religieux, parfois âpre, contre tous ceux qui élèvent des objections contre les analyses du Dictionnaire: dom Alexis Gaudin et William King, d’abord, Isaac Jaquelot, Jean Le Clerc et Jacques Bernard, ensuite. Bayle tient à réfuter tous les arguments de ses adversaires avec sa précision scrupuleuse habituelle. Pierre Des Maizeaux établi à Londres, lance, avec l’imprimeur Jacob Tonson, le grand projet la traduction anglaise du Dictionnaire. Bayle reste également en relation avec Lord Shaftesbury, qui soutient financièrement Des Maizeaux et John Toland, s’entretient avec Pierre Coste, correspond avec Benjamin Furly et avec son fils Arent ainsi qu’avec Jean Le Clerc. Un véritable ‘sous-réseau’ de correspondance se constitue ainsi entre les anciens amis de John Locke, décédé en 1704. Autre ‘sous-réseau’: celui de l’abbé Dubos, qui compose des pamphlets favorables à la politique étrangère du ministre Colbert de Torcy. La correspondance de Bayle reflète l’actualité politique et militaire. Quelques nouveaux correspondants font leur apparition au cours de cette période. Mathurin Veyssière La Croze, ancien bénédictin devenu bibliothécaire du roi en Prusse à Berlin, apporte une érudition extraordinaire aux informations qu’il fournit à Bayle pour le Supplément du Dictionnaire. Samuel Crell, correcteur d’imprimerie chez Leers, et dont le frère est un protégé de Shaftesbury, fournit une explication très savante du rokosz de Gliniany. Autre correcteur à l’imprimerie de Leers, le ‘chevalier Destournelles’, apparaît dans le cercle des amis intimes de Bayle au cours des toutes dernières années de sa vie. La fin de la vie de Bayle reflète sa carrière intellectuelle tout entière, car il a toujours été d’une curiosité inlassable à l’égard de tous les aspects de la culture de son temps. Il meurt, le 28 décembre 1706 vers 9 heures du matin, quasiment la plume à la main. Sa correspondance reflète parfaitement la lucidité philosophique, l’exaspération polémique, la finesse analytique, l’audace philosophique et l’industrie féconde du philosophe de Rotterdam.