La reconversion du site de l’hôtel-Dieu prévoyait la réhabilitation des bâtiments existants (62 000 m²), classés au titre des monuments historiques depuis 2011, et la construction de nouveaux bâtiments (10 000 m²). Elle a fait l’objet de plusieurs opérations préventives de diagnostic ou de fouille, réalisées par le Service archéologique de la Ville de Lyon. Ce diagnostic (tranche 9 E zone nord, crypte) concerne la cave du bâtiment qui borde, à l’ouest, la cour du Magasin, elle-même entièrement fouillée en 2016, sous la direction de S. Ardouin. À l’exception de quelques maçonneries antiques, au sens large du terme, qui ne dessinent malheureusement pas plan cohérent, les vestiges appartiennent presque exclusivement à une crypte juive utilisée entre 1775 et 1795. Les sources documentaires, en particulier les registres mortuaires de l’hôpital, dépouillés par J. Gerstenkorn, font état d’une quarantaine d’individus inhumés en ce lieu. De son côté, l’archéologie n’a mis en évidence que des structures en creux, correspondant potentiellement à des sépultures, qui n’ont cependant pas été fouillées pour des motifs religieux. Les résultats de cette opération portent donc essentiellement sur la répartition des inhumations présumées, étant entendu qu’il n’était pas question d’identifier une tombe à une classe d’âge en fonction de ses seules dimensions. L’occupation funéraire de la crypte semble avoir connu deux à trois étapes successives. Dans un premier temps, la gestion de l’espace est rigoureuse : les tombes sont alignées les unes à côté des autres, le long des murs, et elles délimitent une allée centrale, sans doute réservée à la circulation. Elle témoigne d’un respect manifeste des individus. Par la suite, la gestion du cimetière devient nettement plus aléatoire : les nouvelles tombes empiètent sur des fosses antérieures, puis elles finissent même par investir l’allée centrale. Le phénomène témoigne vraisemblablement d’un manque crucial d’espace.